L’oratorio, che si trova nel cuore di Bominaco, frazione di Caporciano, fa parte del complesso monastico della vicina chiesa di Santa Maria Assunta. Un'iscrizione sulla parete di fondo ne fa risalire la costruzione al 1263 da parte dell'abate Teodino.
Carlo Magno fornì dei terreni e la donò all'Abbazia di Farfa, dalla quale alcuni monaci si trasferirono per fondare una comunità monastica. Nel 1001 la comunità si rese indipendente da Farfa con la donazione da parte del conte Oderisio di ulteriori terreni.
La chiesa di Santa Maria Assunta e l'oratorio di San Pellegrino facevano parte di un monastero risalente all'inizio dell'era cristiana quando, tra III e IV secolo, il luogo divenne la sepoltura di San Pellegrino, martirizzato a Bominaco trafitto da lance. Una prima chiesa venne costruita attorno all'VIII secolo, poi successivamente fu donata all'abbazia di Farfa per tornare indipendente nel 1001.
La datazione della chiesa di Santa Maria Assunta non è certa, ma sicuramente precede la data del 1180 riportata sul pulpito e del 1223 presente sull'altare. La chiesa è in stile romanico, anche se all'interno ha elementi barocchi. La struttura ricalca quella dell’abbazia di San Liberatore alla Maiella, con una pianta a tre navate e tre absidi. Al termine della navata di destra si trova un campanile.